Ügyviteli rendszerek nem EKÁER kompatibilisek
Az ügyviteli rendszerek, főleg a kereskedelmi célú, dobozos rendszerek nem alkalmasak EKÁER bejelentésre. Céljuk nem az, hogy teljes körű szállítmányozási adatokat tároljanak.
A számviteli szabályokra, mint amilyen a fordított ÁFA vagy a halasztott szállítású számla az ügyviteli és kis vállalatirányítási rendszerek fel vannak készülve. Ezek az ügyviteli folyamatok közel állnak hozzájuk, a számlázó programok és készletkezelő alkalmazások pont erre valók.
Ugyanakkor minden hazai törvényre, pláne a nem-számviteli szabályozásra nincsenek felkészülve, nehezen implementálhatóak ezek a funkciók. Főleg ilyen gyorsan.